「銀河の出口」で「新たな銀河へ旅立つ」を選ぶと、そのまま2週目に突入します。(いわゆる強くてニューゲームってやつです)
2週目は開始から難易度がマックスになっており、序盤の遺棄船からすごいことになっています。

これはメインシナリオも例外ではなく、敵の量が増えます。
- たとえば「スキャンステーションミッション」の場合
ピースフル1週目(ポニーにハムスターは1体)

ピースフル2週目(ポニーにハムスターは1体×2)

ブルータル1週目(ポニーにハムスターは3体×2)

ブルータル2週目(ポニーにハムスターは3体×6)

腕に覚えのある方はぜひ挑戦してみましょう。
コメント
2周目で敵が強化されるのは、多分船体サイズやクルー人数が関わってるかと。
ピースフルでも船体デカいとポニーにチンプ1ハムスター3とか出来ますし、3周目でも船体サイズ同じなら同じ規模で来ますので。
3周目、スタート地点すぐにある難破船にエイリアンわらわらは流石に笑ってしまった。
そこに突っ込んでいった、スタート地点なので装備控えめな各派閥の船がどんどん廃墟に…